ההיפוקמפוס אינו המחסן של הזיכרונות, אלא המנגנון שמאפשר ליצור אותם ולהעביר אותם לאחסון ארוך טווח. זיכרונות ישנים מאוד יכולים להישמר גם אחרי פגיעה בו.
הידע על כך הגיע במידה רבה ממקרים קליניים. המטופל המוכר בראשי התיבות ה.מ. איבד את היכולת ליצור זיכרונות חדשים אחרי ניתוח שהסיר חלקים מהאזור, ובכל זאת שמר על זיכרונות ישנים ועל יכולת ללמוד מיומנויות מוטוריות.
האזור רגיש במיוחד לחוסר חמצן, ללחץ ממושך ולמחלות נוירודגנרטיביות, ולכן הוא מופיע תדיר בהקשרים שיקומיים.